细胞培养：保持良好的细胞状态，是整个细胞学实验的基础。细胞状态良好与否有很多的影响因素，如我们的培养条件是否合适（培养液，培养温度，气体浓度等），细胞是否老化，有无其它微生物的污染等。

细胞处理：根据实验目的不同，可能会对细胞进行相应的处理。如最常见的基因过表达、干扰、敲除等；或者直接使用药物、生物活性物质等对细胞进行孵育，观察细胞的变化。

变化检测：对细胞进行实验处理后，细胞状态在宏观上可能会有明显的变化，如细胞皱缩、死亡等；也可能细胞状态无肉眼可见的变化，这时候就要进行微观分子层面的一些检测，以确定实验处理是否对细胞产生了影响。

转录水平检测：常用方法有荧光素酶报告实验，此外还有Chip-seq，EGFP标记等方法。

核酸水平检测：常用到的实验方法有qRT-PCR，高通量测序，基因芯片检测等。

蛋白表达水平检测：常用到的实验方法有Western Blot，Elisa，蛋白芯片检测等。

蛋白定位检测：常用到的实验方法有免疫荧光，免疫电镜，细胞器分离等。

蛋白相互作用：常用的有IP，Co-IP，GST-Pull Down，免疫荧光共定位，酵母双杂交；此外还有FRET等方法。

细胞状态检测：主要涉及到的方法有CCK/MTT活性检测，EdU增殖检测，Annexin V/TUNEL/JC-1凋亡检测等。

荧光素酶报告实验（luciferase reporter assay）主要应用于转录水平检测。例如，检测启动子或增强子的转录活性，这意味着一个遗传信息能否进行传递。相对于EGFP，LacZ等传统转录活性测定方法，荧光素酶报告实验更为方便、快捷、准确，故该方法已经成为转录水平检测最常用的方法。

实时荧光定量（qPCR）主要用于检测基因或感兴趣转录产物（如LncRNA，mRNA，microRNA等）的表达水平。与普通的PCR方法只能检测PCR产物相比，qPCR可以每个扩增循环都检测产物生成的量，从而可以通过一系列的数学计算，得到精确的初始模板的量。这种方法目前已经是检测基因在核酸水平表达情况的常用方法。

Western Blot主要是检测各种基因在蛋白水平的表达情况，也可以检测不同修饰（如磷酸化）的相同蛋白表达情况。Western Blot可以对目的蛋白表达进行定性或半定量，是实验检测蛋白表达最常用的方法。由于存在各种转录后调控和翻译调控，有些情况下，核酸水平与蛋白表达水平并不一致，所以细胞学研究时，经常同时检测核酸水平和蛋白表达水平的情况。

免疫荧光主要用于蛋白定位和多蛋白共定位的检测，同时也可检测蛋白的表达。由于结果比较直观，免疫荧光常作为蛋白定位和蛋白相互作用检测的方法。蛋白要发挥相应的功能，就需要在特定的细胞部位，或者在其细胞定位变化后其功能也随之发生变化。比如，感兴趣的蛋白定位于线粒体，它就有可能与能量代谢相关。同时，每个蛋白并不是独立行使其功能的，想要发挥其最终的功能就需要与其它蛋白相互作用，从而达到信号传递的效果；同时，找到与目的蛋白相互作用的蛋白，也可以在一定程度上揭示目的蛋白的功能。

细胞凋亡是细胞生命活动中一种正常的生理现象，是多基因严格控制的过程。检测细胞凋亡的方法有很多，常用的方法有TUNEL（左图），Annexin V（右图），JC-1，凋亡相关蛋白检测（如Caspase系列蛋白，细胞色素C）等。

慢病毒侵染是细胞生物学中常用的外源基因导入方法。尤其对于一些较难转染的细胞，如原代细胞、干细胞、不分化的细胞等，能大大提高目的基因转导效率，而且可以进行稳转细胞株的筛选，也可以制备活体动物模型。

间充质干细胞（Mesenchymal stem cell，MSC）是一种专能干细胞，它具有干细胞的所有共性，即自我更新和多向分化能力。MSC具有特征性的三向分化潜能，即可向脂肪细胞（A）、骨细胞（B）以及软骨细胞（C）分化，这个是MSC的一个标志性特征，经常用于MSC细胞多能性的鉴定。

核型分析是细胞遗传学研究的基本方法，它是研究物种演化、分类以及染色体结构、形态与功能之间关系所不可或缺的重要手段，是细胞遗传稳定性鉴定、研究基因定位、以及产前诊断等方面常用的研究方法。

DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。研究表明，DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。Bisulfite（重亚硫酸盐）处理的方法为研究DNA甲基化的经典方法。